Algunos agentes infecciosos durante el embarazo pueden causar malformaciones congénitas al bebé

El primer virus que fue asociado a defectos congénitos fue el de la rubéola. A raíz de una epidemia nacieron muchos niños con deficiencias que afectaban al corazón, a los ojos y/o al cerebro.

La embrio-fetopatía rubeólica tiene distintas manifestaciones que dependen del momento del embarazo en que la madre sufra la enfermedad. (Ver periodo crítico)

El cuadro completo incluye:

• Defectos oculares: cataratas.

• Defectos del oído.

• Defectos cardíacos.

• Defectos del sistema nervioso central.

Otro virus que causa malformaciones es el citomegalovirus que puede provocar sordera congénita y calcificaciones cerebrales.

El virus Herpes Simple tipo 2 y el de la Varicela pueden producir malformaciones si afectan en fases precoces, pero también producir infecciones neonatales graves si la infección materna ocurre al final de la gestación.

En algunos casos se han visto incriminados otros virus en cuadros malformativos, aunque no de forma clara.
La infección por un Protozoo, llamado toxoplasma , también puede producir lesiones embriológicas.